Emmanuelle Soubeyran est diplômée de l’école nationale des services vétérinaires et titulaire d’une thèse en médecine vétérinaire de l’université de Toulouse. À la direction générale de l’alimentation du MAAF, Emmanuelle Soubeyran est d’abord adjointe du chef de bureau des établissements de production et transformation, puis chef de bureau des établissements de restauration et de distribution (de 2003 à 2007). Pendant 2 ans, elle est conseillère technique au cabinet du ministre de l’Agriculture et de la pêche (Michel Barnier), pour l’alimentation, la sécurité sanitaire et la protection animale. En 2009, elle retrouve la direction générale de l’alimentation, en tant que sous-directrice de la qualité et de la protection des végétaux. Chef de service des actions sanitaires en production primaire de 2010 à 2015, Emmanuelle Soubeyran était depuis un an chef de service de l’alimentation.
Elle succède à Stéphane Martinot, premier directeur général de VetAgro Sup à la création de l'établissement le 1er janvier 2010, qui a quitté son poste le 15 avril pour être nommé auprès du président de l'université de Lyon comme directeur de cabinet et directeur du développement de la Fondation pour l'université de Lyon.